冷卻塔經常出現結垢、腐蝕性物質沉淀、銹蝕、軍事細菌、細菌和藻類等污染問題。然而，冷卻塔的清潔和維護往往是一個討論的話題。為什么會出現冷卻塔污染?的專業技術人員分析了冷卻塔污染的原因：
冷卻塔在日常應用中全是曝露在空氣中，空氣中有大量的懸浮液、塵土、雜質會持續的堆積在冷卻塔中，因此冷卻塔會出現污垢沉定。制冷水系統軟件中也會滋長很多生物藻泥，導致阻塞狀況。
在冬天，冷卻塔很少使用。冷卻塔內會積聚大量的水分，冷卻塔內的水分會對冷卻塔內部產生一定的腐蝕。隨著時間的推移，腐蝕性物質會積聚，導致局部腐蝕非常嚴重。
冷卻塔循環水中含有無機鹽、有機物質和微生物等，在某些季節水溫可達35℃以上，如果長時間使用冷卻水不更換或補充水量不足，以及長時間不清洗消毒或消毒不徹底，就會滋生大量細菌，其中典型的細菌是軍團細菌，這些細菌會引起傳染病。冷卻塔的冷卻水中有大量的微生物氣溶膠，有些直接浮到冷卻塔周圍的空氣中，影響了周圍800米。因此，城市冷卻塔是城市污染的主要來源之一。
